拡張生態系構築のための取り組みの一環として、オープンデータである生物間相互作用データに、独自に計算したネットワーク中心性の指標を追加したデータセットを作成しました。これをオープンデータとして公開します。
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グローバル生物間相互作用データと中心性指標
舩橋研究員他の論文(Funabashi, et al.[1])では、インタラクティブなAIを用いた拡張生態系の動的な評価と実装を実証しています。今回公開するGitHubページは、この論文で使用された上述のデータセットを公開するために作成しました。このデータセットは、Global Biotic Interactions(GloBI)[2]が提供するオープンデータに基づいており、これにネットワークの媒介中心性（Betweenness centrality）とページランク（PageRank）の2種類の中心性指標を計算し追加したものとなっています。
これらの中心性指標を用いることで、圃場の生態系機能を高めるための生物間相互作用ネットワークにおけるハブ種を推定することが可能となります。
図: 当該オープンデータを用いて、大磯町のSynecoculture実験農園で観測された植物種に対しての生物間相互作用を表示した例
青: 植物種、オレンジ: 動物種、黄: 菌類、緑: その他
ライセンス
このデータセットはCC BY 4.0でライセンスされています。
References
[1] M. Funabashi, T. Minami, Dynamical assessment of aboveground and underground biodiversity with supportive AI Measurement: Sensors, 18 (2021), Article 100167.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2665917421001306
[2] Jorrit H. Poelen, James D. Simons and Chris J. Mungall. (2014). Global Biotic Interactions: An open infrastructure to share and analyze species-interaction datasets. Ecological Informatics.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1574954114001125
GloBI(Portal)
As part of efforts to promote building "augmented ecosystems," the Synecoculture team led by M.Funabashi publicly releases a dataset of two types of centrality indices based on open ecological data.
GitHub Link
Global Biotic Interactions Dataset with centrality scores
The paper by Funabashi and Minami [1] demonstrates the dynamical assessment of augmented ecosystems using interactive AI. This GitHub page was created to provide public access to the dataset used in this paper. The dataset is based on an open dataset from Global Biotic Interactions (GloBI) [2], in which two types of centrality indices were added: Betweenness centrality and PageRank.
Using these centrality indices, it is possible to suggest "hub species" in the ecological interaction network that could further enhance the ecosystem functionality of the field.
Fig: An example of the open data linked in GitHub showing interactions between plant species observed in a Synecoculture farm, in Oiso, Japan.
blue: plants, orange: animals, yellow: fungi, green: others
License
This dataset is licensed under CC BY 4.0.
References
[1] M. Funabashi, T. Minami, Dynamical assessment of aboveground and underground biodiversity with supportive AI Measurement: Sensors, 18 (2021), Article 100167.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2665917421001306
[2] Jorrit H. Poelen, James D. Simons and Chris J. Mungall. (2014). Global Biotic Interactions: An open infrastructure to share and analyze species-interaction datasets. Ecological Informatics.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1574954114001125
GloBI(Portal)
